很久以前就有人问过这个问题啦，虽然目前主流还是用RPKM/FPKM来形容一个基因的表达量。但是既然大家都说TPM更好，我也来探究一下吧！

我不喜欢看公式，直接说事情，我有一个基因A，它在这个样本的转录组数据中被测序而且mapping到基因组了 5000个的reads，而这个基因A长度是10K，我们总测序文库是50M，所以这个基因A的RPKM值是 5000除以10，再除以50，为10. 就是把基因的reads数量根据基因长度和样本测序文库来normalization 。 Continue reading →