Bioconductor系列包的安装方法都一样
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(“GenomicFeatures”)
安装成功之后就可以找到这个包自带的pdf说明书。 Continue reading
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Tag Archives: txdb
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R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解
#这里是下载人类的已知基因的信息 (35.4 MB)
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
然后查看我们下载的这个包里面所包含的信息 Continue reading
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02
R的bioconductor包里面的txdb对象及GRange对象详解
创建txdb对象的三种方法：
一是读取实例文件
library(GenomicFeatures)
samplefile <- system.file("extdata", "hg19_knownGene_sample.sqlite",
package="GenomicFeatures")
txdb <- loadDb(samplefile)
这个文件是hg19的一个子集，里面只有178个转录本，620个外显子 Continue reading