Lecture6_practice-project08_shiny-enrichment

Jimmy（jmzeng1314@outlook.com）

Keywords: enrichment/shiny/GO/KEGG/pathway

富集分析就是对一串感兴趣的基因在一个已知的pathway集合信息里面做统计检验，看看是否富集了。

我们一般的pathway信息是GO，KEGG，统计检验通常是超几何分布检验。

GO（gene ontology）数据库，收集的是对各种物种基因功能进行限定和描述的标准词汇（term），是国际标准化的基因功能描述分类系统。根据基因产物的相关生物学过程（ biological_process）、细胞组分（cellular_component）以及分子功能（molecular_function）三个大类分别给予定义，而每一大类下又包含更多层级具体term，这些定义与具体物种无关。

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合数据库，整合了基因组信息、化学信息和生化系统功能信息，目前包含了16个子数据库。比如，KEGG PATHWAY数据库包含了图解的细胞代谢、膜转运、信号传导等通路信息； KEGG GENES数据库、KEGG GENOME数据库则包含了部分或者完整序列的基因/基因组信息；KEGG Orthology（KO）是KEGG直系同源数据库，将各个KEGG注释系统联系在一起，将分子网络和基因组信息联系起来，根据直系同源关系，实现跨物种的基因组或转录组的功能注释。

我写这个程序，很简单，首先做出以下一些R里面的list对象，然后读取任意一个感兴趣gene的list，对每个pathway都做一个超几何分布检验，输出统计检验结果即可！

可以看到我们的数据其实是需要更新的，kegg通路竟然只有229个，其实现在都快三百个了。

我没有做任何UI界面美化，只是实现了功能，用户只需要上传一个gene list文件即可，其余全部自动化完成。

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