生信菜鸟团-公益视频课程大纲

1) 生物信息数据处理环境搭建

a. 服务器（虚拟机、HPC）

b. 环境变量

c. 软件安装（R,PERL,PYTHON,JAVA,MYSQL）

d. 模块安装（R,PERL,PYTHON）

e. 编辑器

2) 生物信息学习资源介绍

a. 宾夕法尼亚州立大学教授Istvan Albert（Fall 2015, BMMB 852: Applied Bioinformatics）

b. 北大生物信息学公开课

c. 斯坦福大学-计算生物学

d. 斯坦福大学-遗传生物信息

e. 德国柏林自由大学

f. 美国明尼苏达大学生信课件

g. TCGA的公开课及课件

h. 其它大学网上课件分享

i. 善用Google

j. 善用关键词查综述看文献

3) 百款常用生物信息软件

a. Web-app: webGO/David/SMS2/ExPaSy/ iPathwayGuide/

b. Basic: DNAman/bioEDIT/mega/clustalw/blast/blast++/fastqc/SRA-toolkit/SolexaQA/NGS-QC-toolkit/bedtools/circos/cytoscape/Emboss/ cutadapt/fastx/

c. Snp-calling: BWA/Bowtie2/samtools/picard/GATK/varscan/freebayes/bcftools/annovar/samStat/snpEFF/VEP/

d. RNA-seq: RseQC/tophat2/STAR/Hisat/htseq/cufflinks/cummedund/edgeR/DeSeq/Trinity/TransDecoder/GMAP

e. Evolution: muscle/figtree/PhyML/seq2HLA/Plink/

f. Other: LiftOver/ PICNIC/mutsig/Matlab MCR/tRNAscan-SE/FLASH/igBlast/IGV

g. R语言软件：GEOquery/affy/limma/ GOstats/ConsensusClusterPlus/SPIA/ seqinr/ AnnotationHub/biostring/ GEOmetadb/biomaRt/ DawnRank

4) 数据处理脚本实例

a. Perl： snp格式化，coverage，depth，简并碱基，模糊匹配，多重循环，点突变分类，二分法查找，爬虫，mutation上下文，模块，操作excel和pdf，bowtie仿写

b. R： 进度条，并行计算，T检验，hclust，apply系列函数，批量下载，韦恩图，3D条形图，Go分类图，reshape，dplyr，shinny

c. Shell：qsub，wget，while, for

5) 国际知名生信数据资源库简介

a. NCBI

b. EMBL-EBI

c. UCSC

d. sanger Institute

e. BroadInstitute

f. TCGA

g. 1000 genome

h. hapmap

i. CCLE

j. 物种官网

k. ENCODE

l. ExAC 61,486 Exomes

m. 一些国家地区的基因组计划

6) 介绍一些生物信息综合项目

a. 下载NCBI的entriz数据并保存到本地数据库

b. 做一个简单的基因ID转换工具

c. 外显子数据分析

d. 转录组数据分析

e. 芯片数据表达差异分析

f. 功能通路富集分析

g. 数据库api（url）

7) 研究领域细分

a. 癌症

b. 糖尿病

c. 自闭症

8) 待定

下面这些链接跟大纲没关系，请不要点击

http://www.genomemedicine.com/content/6/3/26

http://a-little-book-of-r-for-bioinformatics.readthedocs.org/en/latest/src/chapter1.html

http://birg.cs.wright.edu/textbook/50-instructional-resources

www.oocities.org/mark_ai/bioinformatics.ppt

http://halfonlab.ccr.buffalo.edu/courses/Nutrigenomics/slides/Bioinformatics&Databases.ppt 纽约州立水牛城大学-生物信息课程

http://www.imtech.res.in/raghava/slides/dbase.ppt

http://compbio.ku.edu/sites/bioinformatics.drupal.ku.edu/files/files/Bioinformatics_Syllabus_pdf.pdf

http://www.ncl.ac.uk/computing/study/module/CSC8313

http://webpages.cs.kent.edu/volkert/cs49995/S03/syllabus.html

http://www.intechopen.com/books/bioinformatics-trends-and-methodologies 收费

https://onlinecourses.science.psu.edu/stat555/node/2

http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/course/ppt/part1.ppt